Касильяс родился в Мадриде в 1981 году и всю свою карьеру провел в «Реале», куда попал в 8-летнем возрасте. Касильяс выступал в составе испанских сборных, которые победили в Кубке Меридиана и молодежном первенстве мира в 1999 году. В сезоне 1999/2000 Касильяс заявил о себе в полный голос — он заменил травмированного Бодо Иллгнера и помог мадридцам победить в финале Лиги чемпионов УЕФА с «Валенсией». Вскоре Касильяс растерял форму, что позволило Сесару стать основным вратарём «Реала», но Икер вернул себе место в стартовом составе, заменив ветерана в финале Лиги чемпионов УЕФА-2001/02 с «Байером». Выйдя на поле, Касильяс сделал серию прекрасных «сейвов» и помог «Реалу» выиграть со счетом 2:1. Сезон 2002/03 кипер вновь провел в статусе первого номера, не получив ни одной травмы, и защищал честь клуба в 15 матчах Лиги чемпионов и 38 поединках национального первенства, по итогам которого «Реал» вернул себе звание чемпиона.